In de ruïnes van een stad, die verwoest is door droogte en oorlog, probeert een jonge vrouw te overleven. De stad zucht onder het tirannieke bewind van een gigantische moordzuchtige beer, het resultaat van bizarre experimenten door een mysterieus biotechbedrijf. De jonge vrouw, Rachel, vindt op een dag een vreemd diertje in de vacht van de beer. Ze noemt het Borne en neemt het mee naar huis. Het is onduidelijk of Borne een plant of een dier is, maar het wezentje oefent een onweerstaanbare aantrekkingskracht uit. Het groeit en ontwikkelt zich, leert spreken, en wordt nieuwsgierig naar de buitenwereld. Rachel is ontroerd door zoiets onschuldigs, een teken van schoonheid in een ellendig bestaan.
Maar niets is wat het lijkt. De aanwezigheid van Borne zal de geheimen van de stad blootleggen en daarmee Rachels leven voor altijd veranderen.