Al eeuwenlang trekt de rotgans in de herfst naar West-Europa en voedt zich langs de kust met zeegrassen en wieren. In het voorjaar komt ze 'aan land' in het Waddengebied om zich op de kwelders rond te eten. Vervolgens vliegt ze naar Siberië om te broeden. In de jaren dertig is er ineens een mysterieuze afname van de aantallen, die in de jaren zestig een dieptepunt bereikt. Tien jaar later treedt er een onverwacht herstel op en begint ze ook 's winters grasland en wintergraan te begrazen. Dit zet onderzoekers aan het denken: wat bepaalt de grootte van de populatie? Welke invloeden spelen daarbij een rol?
In De rotgans ontrafelt Barwolt Ebbinge de geheimen van deze kleine zeegans. Hij volgt haar tot in de toendra's in Noord-Siberië, hij spreekt Amerikaanse en Russische biologen over hun onderzoek en verzamelt historische gegevens van de jacht; zo levert hij een schat aan informatie en geeft hij antwoord op de vragen die biologen al zo lang bezighouden.