1528 was een vruchtbaar jaar voor Erasmus, waarin hij onder meer De Ciceroniaan ofwel Over de beste literaire stijl publiceerde en eindelijk zijn tiendelige Augustinus - editie voltooide, maar waarin hij ook van zijn werk werd afgehouden door de voortdurende aanvallen vanuit de theologische faculteit van Parijs, en de pogingen van de Spaanse monnikenordes om hem voor ketterij veroordeeld te krijgen hem bleven bezighouden. Daarbij kwamen nog de uitbarsting van zijn conflict met Heinrich Eppendorf en de woede van Guillaume Budé, die aanstoot had genomen aan de Ciceroniaan. In april moest Erasmus het overlijden betreuren van Albrecht Dürer en in juni dat van zijn patroon Ferry de Carondelet, aan wie Erasmus nog maar twee dagen daarvoor een editie van de werken van Faustus van Riez had opgedragen.

Nadat Bern in januari 1528 was overgegaan tot de zwingliaanse reformatie, was Erasmus bang dat de volgelingen van Zwingli in Bazel aan de macht zouden komen. Daarom had hij plannen om nog voor de winter van 1528/'29 uit Bazel te vertrekken. Karel V nodigde hem uit naar Spanje te komen, Ferdinand van Oostenrijk naar Wenen, Margareta van Oostenrijk naar Brabant, Sigismund I naar Polen, Frans I naar Frankrijk en Hendrik VIII naar Engeland. Erasmus lijkt de Engelse optie serieus te hebben overwogen, maar uiteindelijk bedankte hij. De redenen die hij gaf waren zijn hoge leeftijd, zijn zwakke gezondheid en het gevaar van de reis. Nadat het in februari 1529 tot een beeldenstorm was gekomen, verliet Erasmus de stad en vestigde zich in Freiburg im Bresgau.

De aanvallen vanuit de theologische faculteit van Parijs, onder leiding van Noël Béda, die Erasmus in brief 1669 als tegenstander gelijk stelt aan wel drie duizend monniken, bleven doorgaan. Erasmus' brieven aan de theologische faculteit, Frans I en het Parlement van Parijs om Béda het zwijgen op te leggen, hadden geen effect. Ook schreef Erasmus aan Nicolas Le Clerc, lid van een speciale onderzoekscommissie naar ketterij, om zich te verweren tegen diens beschuldigingen.