Na de dood van haar ouders verhuist de negenjarige verwende snotaap Mary Lennox vanuit India naar het huis van haar rijke oom in Engeland. Evenmin als haar ouders, kijkt oom Archibald Craven naar haar om; laat staan dat hij zich met haar opvoeding bemoeit. Uit verveling trekt Mary de tuin in en tot haar grote verbazing ontdekt ze een 'geheime tuin', een ommuurd, afgesloten en verwilderd stuk groen, waar al eeuwenlang geen mens zich om heeft bekommerd. Het is er wonderlijk stil en Mary voelt zich er meteen thuis, ze vindt er zelfs een vriendje: een roodborstje! Door haar besluit de geheime tuin weer tot leven te wekken, ontdooit de kleine Mary langzaam. Ze raakt bevriend met het dienstmeisje Martha, met de knorrige tuinman Ben en met de vrolijke boerenjongen Dickie, die alles weet van dieren en planten. Dan ontdekt Mary dat er nog een kind in het huis van haar oom woont: haar ziekelijke neefje Colin. Samen met Dickie en Colin gaat Mary aan de slag in de geheime tuin. Dat is het begin van een grote verandering in hun leven!