De aarde staat voor een vreselijke buitenaardse dreiging en de oorlog in de ruimte lijkt verloren. Kapitein John Bowman, een uitzonderlijk navigator, is betrokken bij een incident waardoor hij in contact komt met een mysterieuze donkere materie. Gerepatrieerd en in quarantaine geplaatst, staat hij onder voortdurende bewaking. Hij wordt geplaagd door steeds terugkerende nachtmerries. Uitgeput besluit hij te ontsnappen en hij ontdekt dat de entiteit waarmee hij in contact is geweest, hem vreemde krachten heeft gegeven. Zijn krachten kunnen misschien zelfs de loop van de oorlog veranderen en... de mensheid redden!