Op een dag ontmoet Johannes in de tuin de elf Windekind. Windekind neemt hem mee naar het rijk van de dieren, waar hij wel altijd zou willen blijven. Maar dan laat Windekind Johannes ook de wereld van de mensen zien. Daardoor, en door de ontmoeting met de kabouter Wistik, Pluizer, dokter Cijfer en de Dood wordt het sprookje gaandeweg steeds grimmiger en wordt Johannes uiteindelijk voor de ultieme keuze gesteld: zal hij in de sprookjeswereld van Windekind blijven of kiest hij voor de wereld van de mensen vol onrecht en verdriet? De kleine Johannes is een symbolische vertelling over de levensfasen van de mens en de zoektocht naar geluk.