De bijzondere wereld en de gewone wereld lijken eindelijk te versmelten. Jacob Portman is terug in zijn eigen Florida, maar ditmaal samen met zijn vrienden en mevrouw Peregrine. De jongen die zich altijd een outsider heeft gevoeld, moet er nu voor zorgen dat de bijzondere kinderen onopvallend in het normale bestaan. Maar dan ontdekt het stel dat Jacobs overleden grootvader Abe een geheim had. Een verborgen bunker, maar vooral een verborgen verleden. Jacob en de kinderen zien geen andere optie dan opnieuw in het avontuur te springen. Ook als ze daarvoor dwars door Amerika moeten reizen. En ook als dat volstrekt tegen de zin van mevrouw Peregrine is.