Zweden 1940. Steffi en Nelli, twee joodse zusjes die door hun ouders uit Wennen naar het neutrale Zweden zijn gestuurd, wonen sinds een jaar bij pleeggezinnen op een klein eiland in zee. Na de zomervakantie verhuist Steffi naar Gotenburg waar ze tijdens haar middelbare-schooltijd zal inwonen bij de doktersfamilie die ze die zomer op het eiland heeft leren kennen.

Dat betekent dat ze haar pleegouders en Nelli slechts één keer per maand zal zien. Maar het betekent ook dat ze elke dag in de buurt van Sven zal zijn, de zoon van de dokter met wie ze in de vakantie lange wandelingen over het eiland heeft gemaakt.

De lelievijver is het vervolg op Een eiland in zee. De boeken kunnen los van elkaar worden gelezen.