In 1940 is Jan van Borssum Buisman tweedejaars student bouwkunde in Delft. Hij wil, zoals veel studenten, actief worden in het verzet. Hij wordt echter gearresteerd vanwege een incident waarbij hij as op het uniform van een Duitse officier morst. De Duitsers houden hem vanaf dat moment in de gaten. Samen met een studievriend vertrekt hij te voet richting Zwitserland. Met als doel: zo snel mogelijk Engeland bereiken.

Na omzwervingen, een arrestatie in Frankrijk en een onverwachte vrijlating, arriveert het tweetal in Zwitserland. Daar ontmoet Jan dominee Visser 't Hooft, die op last van de Nederlandse regering in Londen een spionageroute opzet. Jan keert terug naar Nederland en smokkelt microfilms met geheime politieke en militaire informatie naar Genève. De smokkelroute, die 'de Zwitserse Weg' gaat heten, bestaat van 1942 tot juni 1944. Na de invasie in Normandië wordt de route overbodig.

Agent van de Zwitsere weg vertelt het relaas van een man die gedurende de oorlogsjaren de vrijheid belangrijk genoeg vond om er zijn leven voor te wagen.