De ontdekking van de Borneomens is een expeditieroman. In het boek worden enkele verhaallijnen met elkaar verweven.
De jonge Laurens Hakluyt is wetenschappelijk medewerker op het Geografisch Instituut in Groningen. Zijn leeropdracht is 'Ontdekkingsgeschiedenis'. Hij gaat diep gebukt onder ervaringen die hij tijdens zijn veldwerk naar prehistorische tekeningen in een Pyreneese berggrot heeft opgedaan.
Zijn moeder speelt hem een reisverslag uit een Indische krant toe, dat in 1925 door zijn grootvader Alexander Hakluyt werd gepubliceerd. Als arts-paleontoloog drong hij diep door in het oerwoud van Borneo, op zoek naar de missing link van Darwin en Haeckel. Hoewel hij zelf van mening was dat zijn missie met succes was bekroond, dacht de wetenschap van zijn tijd daar anders over.
Laurens raakt bezield van het voornemen om de biografie van Hakluyt sr. te schrijven. Die aandrang wordt alleen maar sterker als hij bij de begrafenis van zijn grootvader te horen krijgt dat een collega-paleontoloog de juistheid van Alexanders ontdekking onderschrijft. En wat meer is, het eerherstel zal op een congres bekend worden gemaakt.
Terwijl hij probeert tijd vrij te maken voor zowel de biografie als het verslag van zijn Franse veldwerk, wordt hij op het Instituut voortdurend door andere zaken in beslag genomen. Zowel door een collega, die een roman over een Lapse expeditie heeft geschreven, als door een maker van reisprogramma's, die met hem naar Borneo wil. En niet te vergeten door Fay, een schrijfster van sprookjes, die erg veel aandacht nodig heeft, zoals ze Laurens bij herhaling laat weten.