Het hart van Gert neemt de lezer mee naar een liefdevol gezin op het Nederlandse platteland aan het eind van de negentiende eeuw. Janna en Gert leiden een gelukkig leven. Wel hebben zij te maken met verwachtingen vanuit de familie. Met name Janna's moeder stelt hoge eisen. Deze eisen worden meer dan eens tegen een achtergrond van geloof gehouden.
Met hun drie kinderen zijn Janna en Gert recent verhuisd naar een eigen boerderij, als Janna erachter komt opnieuw in verwachting te zijn. Deze zwangerschap verloopt totaal anders dan verwacht en leidt uiteindelijk tot het ondenkbare: het overlijden van Janna en de baby.
Gerts wereld stort in. Zijn geloof wankelt. Maar hij moet verder, voor zijn kinderen. Hoe kan hij ooit nog gelukkig zijn? En welke rol speelt Hannie, Janna’s jongere zusje?