Isaac en Hattie hebben in deel één Londen gered en het tijdmysterie opgelost. Daarom zijn ze in Parijs, waar ze bedankt worden voor hun prestaties. Net als Isaac aan zijn speech wil beginnen, wordt er een schot gelost. Isaac en Hattie zien nog hoe een jongen vlucht, maar voordat ze bij hem kunnen komen, is hij in het niets verdwenen.

De politie ontdekt dat een beroemde kaart, getekend door koning Lodewijk XVI, gestolen is uit het nationaal archief. Een kaart die volgens sommigen de sleutel is tot het vinden van een aantal verloren schatten van Versailles. Isaac en Hattie gaan op onderzoek uit, en worden meegetrokken in een ondergrondse wereld. In de catacomben onder Parijs gaan ze op zoek naar vergeten plekken, een vermiste zus, en een kaart die een lang bewaard geheim zal onthullen.