De roman Atlantis volgt een Joodse familie vanaf het Portugal van de Inquisitie, het kolonialisme in Brazilië, en de vervolging in de oorlog, tot en met het ontstaan van de staat Israël.

De Portugese Jood Samuel Pinto werd aan het eind van de zestiende eeuw in Lissabon vervolgd en vluchtte naar Amsterdam. Zijn zoon handelde in Recife in Afrikaanse slaven. Nakomelingen van hem belandden in Duitse vernietigingskampen in Polen. Een paar overlevenden daarvan vonden een goed heenkomen in Palestina.

Tijdens de reis van het koopvaardijschip 'Atlantis' van Rotterdam naar Zuid-Amerika buigen passagiers zich over de Joodse geschiedenis.

Voordat het zover komt moet het schip eerst de Tweede Wereldoorlog nog doorstaan.