Al in zijn jonge jaren wordt Jonathans leven op zijn kop gezet door het overlijden van zijn moeder en broertje. Hij ontvlucht zijn geboorteplaats Leiden, maar vindt nergens ter wereld rust.
Als Miami langzaam wegzakt in de modder, schiet hij vluchtelingen te hulp in een motel dat wordt gerund door de inheemse bevolking. Daar wordt hij verliefd op Bobby, een arts die zwanger van hem raakt. Naarmate de wereld verder in verval raakt en er gigantische migratiestromen op gang komen, grijpt de paniek steeds sterker om zich heen: kun je een kind geboren laten worden als de aarde op instorten staat?

Als Bobby na de geboorte van Tommi verdwijnt, staat Jonathan er alleen voor en moet hij keuzes maken voorbij leven en dood. De inheemse bevolking biedt een vluchtroute: we kunnen ons leven verlengen als we ons verbinden met alles wat leeft.

Ooit waren wij vogels is een onstuimig kolkende roman over dolen, sterven en rouwen — en over het onverwoestbare geloof van de mens in verlossing.